胃肠道间质瘤患者在停药以后是否还有效果，需要根据具体的病情来决定。胃肠道间质瘤的药物治疗根据治疗目的可以分为三种情况，常见如下：1、切除患者的新辅助治疗：新辅助治疗以后要接受手术，手术以后根据病理诊断的情况来决定术后的用药情况，具体的用药时间应该根据病情来决定。停药以后有些可能暂时没有复发风险，但是随着时间的延长，复发转移或者耐药的几率也会逐渐增高；2、可手术切除的辅助治疗：对于中高危的复发风险胃肠道间质瘤患者，术后要进行辅助治疗，根据危险度的分级不同，需要治疗的时间也不同，一般是1-5年的时间不等。同样如果停药以后也可以维持多年疾病稳定，但是随着时间的推移，也是有复发的出现；3、复发或转移患者的系统治疗：复发或者转移的胃肠道间质瘤应该做系统全身治疗，应该是终身服药，不能够停药，停药后很快就要再次复发，可能会导致肿瘤迅速进展，建议终身服药，具体的用药应该根据患者的情况，由医生进行综合判断来决定。