手指起小水疱可由多种原因导致，具体原因如下：1、先天性疾病：如汗疱疹等，可导致手指出现水疱；2、真菌感染：如手癣等，可使手指部位起小水疱；3、疱疹病毒感染：如水痘-带状疱疹病毒感染等，可导致手指出现水疱；4、变态反应性疾病：如湿疹，以及其他比较剧烈的局部变态反应，都可以导致手指部位出现水疱。手指部位的小水疱在临床上最常见的原因是湿疹和手癣。而判断何种原因所导致的小水疱，首先不同疾病的临床表现存在差异，可以前往医院请专业医生进行检查、判断。其次可通过皮肤检查等辅助检查判断出现小水疱的原因，如果为真菌感染，通过真菌荧光检测，通常可以观察到孢子和菌丝，如果为湿疹，则不会观察到孢子和菌丝。