杀牙神经进行操作时会有疼痛，杀牙神经需要钻开牙齿，将牙髓神经暴露，暴露之后再放置失活剂，让失活剂对牙髓产生作用。在钻开牙齿暴露牙髓的过程中会有疼痛，甚至是比较明显的疼痛。因为牙髓神经对疼痛较为敏感，但是可以用局部麻醉缓解疼痛，只要麻药使用恰当，即可极大缓解疼痛。在放置失活剂进入失活阶段时，开始2-3天可能会有疼痛等不适感，但是2-3天之后疼痛会缓解。通常放置失活剂之后的1周左右，可以进入下一步的根管治疗操作，在牙髓失活之后去除牙髓，则不会产生疼痛。