脚趾甲有灰指甲应使用抗真菌药物进行治疗。灰指甲医学上称为甲癣或者甲真菌病，是由皮肤癣菌等致病真菌感染甲板和甲床等组织所引起的一种病变。所以治疗方面首选的是抗真菌药物治疗，比如外用抗真菌药、内服抗真菌药均可。具体如下：1、轻度、不严重的灰指甲：可以考虑外用抗真菌药物治疗为主，比如外用盐酸阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等，这些药物都具有很强的渗透性，可以杀灭指甲深处的皮肤癣菌，使灰指甲逐渐好转；2、比较严重的灰指甲：可以考虑口服抗真菌药，比较常用的包括伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等，经过多年的临床验证，这些药物都安全有效。治疗灰指甲的药物只要遵医嘱、按疗程使用，大多数可以最终治愈，但疗程需要比较长的时间，比如3-4个月，严重的可能需要半年以上。主要是由于灰指甲患者的指甲生长缓慢，所以治疗疗程也要相应延长。治疗的同时也要注意清洁卫生工作，包括鞋袜定期消毒灭菌，才能保证灰指甲治愈，不再感染复发。