男性生殖系统上出现水疱，通常要考虑以下几种原因：1、 生殖器疱疹：生殖器疱疹是一种性传播疾病，主要是疱疹病毒感染导致，尤其是2型疱疹病毒。生殖性疱疹病毒感染的生殖器疱疹，通常可以表现为生殖器上的水疱，水疱之间可以融合、糜烂甚至破溃。这种疾病可以通过性接触进行传染，通过相应的实验室检查可以明确。需要给予抗病毒治疗，注意短期内避免进行性生活；2、泌尿生殖系统疾病：尤其是包皮龟头炎，包皮龟头炎可以引起龟头的水疱，伴有红肿、疼痛、皮疹，甚至出现糜烂、溃疡以及分泌物的情况。通过抗感染治疗，包括抗生素软膏的外用，可以得到缓解；3、其他原因：可能包括过敏、损伤，尤其是机械性的损伤，可以出现水疱或者疼痛、不适、出血、裂开的现象。因此在临床上需要给予鉴别，进行相应的治疗。