男性生殖系统上面长小痘痘，原因较多。男性生殖器包括阴茎、阴囊，具体如下：1、龟头炎：如果龟头上长痘痘，首先要考虑是不是龟头炎，阴茎上长痘痘，有可能是包皮的一些炎症；2、毛囊炎：阴囊如果出现小痘痘，有些需要排除是否是皮脂腺囊肿，或者阴囊上毛囊的一些问题，如毛囊炎、毛囊堵塞等等；3、性病：比较多见的性病，如尖锐湿疣，尖锐湿疣在早期比较小的时候，看上去就像是小痘痘。一般最多见到的是在龟头、尿道口、包皮前端，所以男性生殖系统上如果有小痘痘，应该及时到医院进行进一步检查。