患者晨起时出现小便疼痛症状，常见原因如下：1、尿路感染：膀胱、尿道出现炎症时，可能在排尿过程中患者会出现下腹部或沿尿道放射性疼痛。因晨起时尿液最为浓缩，夜间饮水较少，尿液中白细胞或细菌成分可能会相应增多，此时患者排尿时刺痛感较强；2、排尿间隔较长：尿液中细菌繁殖量较大，同样会刺激尿道，进而导致患者产生排尿时刺痛或灼痛不适感。因此，患者出现晨起排尿疼痛时，建议到医院进行尿常规检测，通过白细胞数变化，可明确是否存在膀胱、尿道炎症，确诊后可应用抗生素进行治疗。