男生早上起来上厕所会痛，具体原因如下：1、尿道炎：此类男生通常可以进行自我的体检，看包皮有无过长或者包皮有无水肿的现象，还有龟头无法露出，出现包茎的情况，这两种状况容易造成包皮垢里的细菌侵扰到尿道外口，进而污染到尿道的黏膜，造成尿道黏膜的充血、肿胀、水肿，同时感觉神经外露，所以会造成上厕所的时候的疼痛现象；2、性传播疾病：如果男生早晨醒来尿道外口有大量的黄白色的脓液，有时候这些脓液很黏，会把阴茎和内裤粘在一起。此时要高度怀疑有无淋病，建议到医院进行尿常规检测，看白细胞是否显著上升，同时进行淋球菌的快速鉴定。如果确诊为淋病，建议大剂量的头孢菌素进行治疗，如果鉴定的结果是支原体、衣原体感染，则建议采用大环内酯类的抗生素进行治疗，如罗红霉素、阿奇霉素等，疗程大约是2-3周。