绝大多数肝内胆管结石无法自愈，少数因为寄生虫导致的结石，随着结石排出，可能会自愈。但总体自愈的几率非常小，如果配合药物溶石，刺激胆汁分泌，可能增加自愈的概率，但不能完全达到自愈的目的。​肝内胆管结石的形成，主要包括局部解剖异常、胆道感染、寄生虫入侵等多种因素。如果是因为局部存在狭窄或胆道会合的角度存在异常，导致胆汁淤滞所形成的结石，会逐渐增多、增大，即使是应用药物，也很难使结石变小、排出，所以此种结石无法自愈。所以，临床上发现肝内胆管结石后，应积极找医生进行咨询，接受医生的建议。在有必要手术或使用药物治疗时，积极配合治疗，如果没有治疗的指征，可以定期复查。