导致做完肠镜后肚子疼痛的原因具体如下：1、肠胀气：做肠镜时会往肠管里打气，如果操作的医生在退镜观察时，未将气体完全抽吸干净，病人可出现疼痛。因为肠道对扩张机器很敏感，肠道内有机器，会往下继续排，肠道蠕动时可出现疼痛，放几个屁后，疼痛可缓解，无需紧张；2、肠糜烂：做肠镜时可能进行活检、治疗等操作，刺激肠壁，可能出现后续的疼痛。还可能活检部位有小的糜烂出现，一般在正规医院检查，医生会很谨慎。等到观察无活动性出血才退镜，一般这种可能性不大；3、肠穿孔：极个别患者进行检查后有穿孔，观察肠道可看到肠道有很多皱襞。在操作时，进结肠的脾曲，以及肝曲时，难度较大。医生经验不够丰富，或者病人体质较脆弱，均可出现穿孔。一旦出现肚子剧烈疼痛，需及时去医院进行腹部立位平片的检查，查看有无穿孔。