残肢痛症是非常复杂的疼痛，除局部机体损伤导致潜在慢性炎症，还有神经病理性疼痛。不只是外周病变，可能中枢已经发生变化，所以治疗需多方面综合治疗。残肢痛患者需进行积极心理治疗，做心理的疏导和干预，也可加用抗焦虑、抗抑郁药物。该病患者会伴发焦虑、抑郁，生活质量、活动功能都较正常人群有明显下降。 疼痛非常剧烈的人群，需加用心理干预，甚至物理治疗。如普通非甾体抗炎镇痛药效果不好，可用强效镇痛药，比如二阶梯曲马多或更强效的阿片类药物进行止痛。睡眠差的病人夜间痛非常明显，可用辅助睡眠药物，改善患者睡眠质量。