肛门囊肿最好的治疗方法是手术治疗，要搞清楚什么是肛门囊肿。肛门囊肿指的是肛门周围的皮下以及皮下组织，长了一个囊性的肿物，主要是由囊壁和囊液构成。这里的囊液在一些因素的诱发下，可能会发生感染引起疼痛。肛门周围最常见的疾病可能不是肛门囊肿，而是肛门脓肿，肛门脓肿是一种感染性的疾病。如果发生了肛门脓肿，症状主要就是肛门周围的疼痛，有包块，局部的温度比较高，严重的会引起发热、全身的中毒症状，如果不及时治疗会有严重的后果。所以当患者肛门出现一个包块的时候，首先应该去门诊就诊，明确到底是肛门囊肿还是肛门脓肿，不同的病有不同的治疗方法。如果是肛门囊肿，需要及时进行手术治疗，否则可能会引起其他的病变，比如感染、恶变。