肛门囊肿和痔疮在发病机理以及病变的具体形态都有较大的差别，痔疮是比较常见的肛周疾病，发生的原因是由于直肠下段或肛管周围的黏膜曲张静脉造成。痔疮是一团曲张的血管，在大便的刺激和损伤下血管可以破裂，产生比较明显的出血，严重的时候可以呈现喷射状。肛门囊肿一般指肛周的脓肿或皮脂腺囊肿等感染性或分泌性肿物，肿物内容物为脓性或皮脂腺样物质。在没有感染的时候，皮脂腺囊肿表现为坚硬的硬结，肛周脓肿一般按压有波动感，局部皮肤有发红、发热的表现。两者治疗有较大的差别，痔疮一般是保守疗法，如果出血、迁延不愈或痔核较大，脱出肛门，需要进行手术切除。肛门的囊肿，比如肛周脓肿需要进行切开引流，并应用抗生素类药物控制感染，皮脂腺囊肿可不予处理或局部手术切除，囊肿可以自然缓解。