小儿畸胎瘤手术临床常见以下几种风险：1、常规手术风险：包括麻醉风险，患儿本身身体条件和器官功能存在的风险，以及伤口感染风险；2、器官功能风险：如果是卵巢恶性肿瘤，切除一侧卵巢，只剩对侧卵巢，可能会损伤性腺功能。畸胎瘤可以长在身体中轴线上，如骶尾部、腹膜后，卵巢、睾丸以及纵隔等，不同部位存在不同风险，常见风险还取决于个体肿瘤大小，肿瘤和周围脏器有无浸润，周围血管有无包。如果肿瘤包绕血管，医生术前会分析患儿  CT影像，进行手术规划，既要将肿瘤切除，又要保护好血管、周围受浸润的脏器。对于恶性畸胎瘤，比如恶性畸胎瘤Ⅲ期、恶性畸胎瘤Ⅳ期，如果其他身体部位有转移，局部有浸润，这时可以先进行活检手术，通过活检手术病理诊断，化疗肿瘤缩小后再进行切除手术。