胚胎发育不好，最重要的原因是胚胎自身因素，此外可能与合并内外科疾病、接触毒物等有关，具体如下：1、胚胎自身因素：由于胚胎染色体和基因的异常，早孕期间胚胎发育不良，出现胚胎停止发育，甚至发生流产、先兆流产等，占60%-70%；2、内外科疾病：由于孕妇合并内外科疾病，如妊娠期高血压、妊娠期糖尿病、甲亢、甲减、自身免疫疾病等，甚至合并有发热、上呼吸道感染等急性疾病，可出现胚胎发育欠佳或胚胎发育停止等异常现象；3、其它因素：如果妊娠阶段接触有毒药物，如导致流产、胎儿畸形的药物，甚至接触有毒的致畸因子，如放射线等，都可能导致胚胎发育不好。