病人的巧克力囊肿有3公分，可能要做手术，也可能不要做手术，需具体情况具体分析，具体如下：1、不需要手术：若病人的巧克力囊肿有3公分且没有其他并发症，如蒂扭转，此时可不做手术，采用保守的方法动态观察即可。比如有痛经时，可服用止痛药物如布洛芬等；另外，也可服用唯散宁进行相应治疗；还可注射醋酸曲普瑞林进行治疗，上述药物都能达到较好的治疗效果。巧克力囊肿是在来月经时，脱落的子宫内膜种植在卵巢局部所致。而每次来月经时，子宫内膜都会脱落并引起出血，而种植在卵巢局部的子宫内膜也会出血，随着时间推移从而形成囊肿。此类囊肿随着女性年龄增长，到绝经后巧克力囊肿增大的可能性会明显下降；2、需要手术：巧克力囊肿在临床上主要表现为进行性加重的痛经、不孕不育；另外，随着巧克力囊肿增大还有可能导致盆腔粘连等。因此，若巧克力囊肿继续增大，可考虑手术治疗。