指甲出现凹陷的原因及处理方法如下：1、甲真菌病：可以通过真菌检查判断指甲有无真菌感染，如果是真菌导致的甲凹陷，除了有凹坑，还可能会出现指甲变黄、变厚，可以考虑用抗真菌的药物进行治疗；2、外伤：凹陷部位如果之前有过外伤史，可以知道是外伤导致，外伤导致的甲凹陷过一段时间以后，新的指甲会逐渐好转；3、银屑病：患者身上有银屑病的皮损，指甲凹陷可能是银屑病带来的甲损害；4、扁平苔藓、湿疹：有时候需要做指甲的病理活检进行诊断，湿疹、扁平苔藓或者银屑病的甲损害，可以通过外用药膏或者系统治疗进行处理。