宝宝指甲凹陷的原因具体如下：1、外伤：外伤会造成指甲损伤，导致凹陷，随着宝宝指甲长出以后，凹陷也会得到缓解；2、指甲本身疾病：有些宝宝出现真菌感染，或者是指甲的炎症状态，都可能造成指甲发育异常，出现凹陷的情况；3、营养性疾病：缺铁、缺锌，或者维生素、蛋白质等营养元素缺乏，均可能导致宝宝指甲发育异常，出现凹陷的情况。通常适当补充维生素、锌、铁等，改善营养状态，指甲凹陷的情况也会得到缓解；4、缺氧性疾病：有些宝宝有心脏疾病，如先天性的缺氧性心脏疾病，都可能造成宝宝局部末梢循环不好，造成宝宝出现指甲发育异常，出现手指凹陷的情况。因此，宝宝如果出现指甲凹陷，在病因不清的情况下，可以到医院进行相关的检查，明确它产生的病因，针对性地进行治疗之后，指甲凹陷情况才能得到有效缓解。