超声波碎石对肾脏的影响比较轻微，在可接受的范围之内，震波后即使有短暂的组织水肿，随着时间推移也能慢慢愈合。处理结石的原则和目标主要是解除梗阻、保护肾功能，如果结石存在时导致肾脏积水，结石、肾积水本身对肾脏的危害远远大于冲击波碎石操作对肾脏造成的损伤。​超声波碎石的损伤比较轻微，但是也不是100%无并发症，并发症发生概率基本＜4%，严重的会有出血、感染以及肾包膜下血肿的情况，尤其对于年纪大、血管脆性比较大的患者，容易发生震动后肾包膜下血肿，因此老年患者要慎重选择，除非结石很小，比如7-8mm、硬度不大的结石，可以采用此方法。单纯冲击波碎石只要不是在肾脏打结石时能级开得很大，反复震波次数非常多、震波时间非常长，对肾脏的损伤在可接受的范围之内。