小便时尿道刺痛、流脓的常见原因如下：1、普通尿路感染：常见于急性尿道炎、急性前列腺炎，患者除尿痛、尿道口流脓外，还合并有尿频、尿急、尿痛等症状，流出脓性分泌物为白色，根据脓性分泌物培养、药敏试验可以确诊。经过经验性用药、抗生素治疗，或者根据药敏结果选择敏感抗生素，按疗程治疗，上述症状均可得到控制；2、特殊病原体感染：常见于淋球菌性尿道炎，即淋病。如果患者发病之前存在不洁性生活史，要考虑是淋球菌性尿道炎。淋球菌性尿道炎患者除尿痛、尿道流脓外，还有尿道口黏膜红肿、发痒、刺痛、尿频、尿急、尿痛，甚至血尿。脓性分泌物颜色为黄绿色，具有传染性，可通过性接触传播，也可通过带有淋球菌的衣物、毛巾、浴盆、便桶等引起间接传播。患者治疗期间应避免性生活，注意个人卫生，避免与家人接触，以免造成传播。