胚胎停育的原因有多个，比较常见的原因如下：1、胚胎自身原因：50%以上的胚胎停育是胚胎自身的问题，比如胚胎的染色体异常或基因异常，所以胎停育做流产时，最好能够做个胚胎染色体相关的检查，可以对后续的怀孕产检提供一定的帮助；2、孕妇原因：有些孕妇可能患有较严重的疾病，且控制不佳，比如慢性高血压、糖尿病以及甲状腺的疾病，如甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进时没有进行药物调节或某些免疫系统疾病，如抗磷脂抗体综合征、红斑狼疮等；3、父亲原因：精子异常也会导致胚胎的异常。