腰眼疼的原因如下：1、软组织损伤：腰部的肌肉、韧带、皮下脂肪等软组织损伤，导致腰眼的疼痛，有时与过度使用腰、过度弯腰、工作太劳累有一定的关系；2、受凉：腰部的软组织受凉，受到不良刺激，引起腰眼疼痛；3、骨质疏松：腰椎本身存在严重的骨质疏松，导致腰容易出现侧方的疼痛。腰椎严重的骨质疏松，甚至发生腰椎的压缩骨折，导致腰椎的椎旁肌，腰眼的部位出现疼痛；4、内科疾病：双侧的泌尿系病变，如肾盂肾炎、输尿管结石、肾结石等，也可能会引起腰眼疼痛；5、反应性炎症：部分患者腰眼疼痛是一种反应性的炎症，如感冒发烧、腹泻等。