无痛胃镜属于侵入性检查，所以受检者可能会存在痛苦。目前在麻醉的条件下进行胃镜检查属于无痛、舒适的过程，但麻醉存在风险。无痛胃镜检查前需要禁食禁水4-6个小时，如果受检者偷喝水再做检查比较容易发生误吸或误呛。 因此，所谓的无痛胃镜风险、创伤，主要还是在于麻醉的意外方面，患者如果遵循医嘱均可以避免。此外，还有的患者对麻醉药物存在过敏反应，但发生率极低。 检查前麻醉医生需要对患者的心功能、肺功能及相关其他的疾病史有所了解。而从胃镜的整个操作而言，消化科医生通常可以将风险降低。