手太阳小肠经主要起于小拇指，然后走行于手背部，从腕进入上臂，在胳膊上走行于胳膊外侧靠后部位，然后进入肩膀，在肩关节周围以及肩胛骨周围绕行一段距离，再通过脖子进入头面部，最后终止于内眼角。从手太阳小肠经循行的方向就可以大概知道其主治，由于终止于头面部，因此可以治疗各种面部的疾患如眼干、眼涩、面瘫、面肌痉挛、三叉神经痛、鼻炎、过敏性鼻炎，鼻渊等都可以选择小肠经的穴位。小肠经因为要在肩关节附近绕行一段距离，所以主治各种肩周炎，肩膀疼、肩膀活动不力、肩关节屈伸不利等都可以选择小肠经来进行治疗。