耳朵根部一阵一阵的疼，可能是外耳道有耵聍、急性中耳炎、外耳道内有异物、化脓性中耳炎、神经疼等原因引起，具体如下：1、外耳道有耵聍：如果外耳道的耵聍比较多并且比较硬，刺激外耳道壁会出现耳朵疼痛；2、急性中耳炎：急性中耳炎是由于细菌、病毒侵犯到上呼吸道，出现耳膜充血、出现炎症，会出现耳朵一阵一阵的疼；3、外耳道内有异物：当有虫子或者有其他的小东西进到耳朵里面，在耳道里面来回滚动时撞击到耳道以及耳膜，也会出现耳朵一阵一阵的疼；4、化脓性中耳炎：当出现化脓性中耳炎时，中耳腔内的分泌物、脓液流到外耳道，刺激到耳道也会出现疼痛；5、神经疼：耳朵本身没有问题，但是由于耳部周围的神经出现病变，也可以出现耳朵疼痛。