相对于常见的药物，克林霉素的副作用确实较大，主要会有消化系统方面的副作用，比如恶心、呕吐，以及假膜性肠炎。假膜性肠炎会引起大便次数的增多，可能发生在用药的初期，也可能发生在用药一段时间以后。不同的患者可能发生在不同的时间，取决于患者的用药剂量，也取决于患者的不同体质。​患者之间可能会有一定的差异，有的人用药剂量加大，反而没事，所以用药期间应该密切监测。除了胃肠道的反应，克林霉素副作用还会有血细胞下降，以及输液反应、过敏反应等。克林霉素用来治疗中到重度感染性的疾病，适用于链球菌、葡萄球菌，以及厌氧菌的中到重度感染性疾病。所以其本身是较强的抗生素，同时副作用相对也确实强。克林霉素一定要在医生的处方或者医嘱的指导下来应用，此时用药才相对安全。