儿童存在自我保护、自我调节能力，不会出现严重菌群失调。除非是应用较长时间抗感染药物治疗或其它疾病免疫功能缺陷儿童，可能会出现菌群失调。一般单纯性腹泻或呼吸道疾病应用抗生素治疗之后，儿童出现菌群失调，3-5天时间可以恢复。可以给儿童服用3-5天益生菌，帮助尽快恢复。但是临床不建议儿童服用较长时间益生菌调整肠道菌群失衡。 大部分家长认为儿童在新生儿期间出现哭闹，可能存在肠痉挛由菌群失调引起，给儿童服用益生菌。实际不建议3个月以下儿童服用益生菌，可能会干扰正常肠道菌群建立，不一定提供较好帮助。