自体骨髓移植是很大的治疗项目，治疗项目越大，在医学上治疗风险也越大。自体干细胞移植的风险主要体现在以下几个方面：1、脏器损害：预处理，即大剂量化疗过程中所带来的风险，主要是肝肾功能损害、心脏损害、口腔溃疡、口腔炎，病人毒副反应比较重；2、感染：预处理后骨髓造血功能已经彻底消失，植入的种子细胞还没有完全建立造血功能时，这时是免疫空档期，病人容易出现发烧或感染；3、植入失败：还有植入失败的风险。