三九胃泰是中成药，奥美拉唑是化学药物，只有对症使用后，才会发挥药物的疗效，所以不能单纯判定哪个药好那个药不好。三九胃泰作为中成药，是一个复方制剂，它的药物组成了包括三丫苦、九里香、两面针、木香、黄芩、茯苓、地黄、白芍等，功效与作用是清热燥湿、行气活血、柔肝止痛，用于治疗像湿热内蕴、气滞血瘀所导致的胃痛，症状伴见有皖腹隐隐疼痛、恶心、呕吐，吞酸以及嘈杂、不思饮食。对于浅表性胃炎、糜烂性胃炎，还有萎缩性胃炎见上述证候者，可以对症选用三九胃泰治疗。奥美拉唑主要适用于胃溃疡、十二指肠溃疡、胃食管反流、卓-艾二氏综合征等，奥美拉唑如果和克拉霉素、阿莫西林联合使用，还可以用于治疗幽门螺杆菌的感染。奥美拉唑能够通过选择性抑制胃壁细胞的氢-钾ATP酶，阻断胃酸分泌的最后一个步骤。