苯巴比妥的不良反应可能与药物理作用极为有关，如该药用于抗癫痫时，最常见的不良反应是镇静作用，因为该药本身对中枢神经系统有抑制作用，但是随着疗程持续，镇静作用变的越来越不明显。所以往往可以告诉这类患者，可持续一段时间看有无改善，在剂量过高时，患者可能会产生眼球震颤、共济失调。共济失调最常能感觉到的是走路不稳，有时会出现严重的呼吸抑制，觉得出现呼吸困难。在用苯巴比妥的患者当中，大概有1%-3%的人会出现皮肤反应，比较多见的是各种皮疹，严重的可能会出现剥脱性皮炎或多形红斑。但这种概率极为罕见，一万个人会出现一个。此外也有报道使用苯巴比妥的患者可能会出现肝炎或肝功能紊乱。部分患者长期用药物也可能会引起微妙的情感变化，会出现易怒、暴躁等，出现认知和记忆缺损，在长期用药物时，偶有患者会出现叶酸缺乏或出现低钙血症，所以对于这类患者，应补充叶酸或钙制剂，有时也会建议患者多增加户外运动。对于苯巴比妥药物，还有一点一定要告诉大家，长时间使用该药时，可能会发生药物依赖，所以停药时容易出现停药综合征，停药时一定要谨慎且极其缓慢，可能药物的停用会持续一年的时间甚至更长。