常见坐着肛门痛的原因有以下几点：1、肛门疾病：包含肛周有感染、肛窦炎、肛周脓肿、肛瘘，有此类疾病时，坐着肛门会有疼痛。观察如果有疼痛伴有肛门周围存在小眼且有分泌物、小疙瘩，考虑可能是肛瘘。如果大便时比较疼，解完大便后还疼，坐着也疼，考虑肛裂以及肛周炎，应该去结直肠肛门外科或肛肠外科简单的进行肛门周围检查，必要时做肛门镜的检查，能够明确诊断；2、直肠和周围病变：比如直肠肿瘤、直肠末端肿瘤、直肠炎症，可以通过肛门镜的检查诊断；3、神经官能性疼痛：检查没有疾病，只有感觉坐着肛门疼，考虑神经官能性疼痛，未有特效治疗方法，需要自我调理。