肛瘘难以实现自愈，一旦确诊后就应该准备早期进行手术治疗，以免反复发作病情加重再手术，增加患者负担。手术方式应该根据病人的病情来决定，但是不论哪一种手术，治疗原则首先是保护患者肛门的功能，采取无痛微创整形手术，尽可能减少损伤肛门括约肌，以免造成术后肛门失禁。主要的手术方法有瘘管切除术、肛瘘切开术、肛瘘切除缝合术、肛瘘挂线术、肛瘘切开挂线术，还有肛瘘切开挂线对口引流术，要跟据不同的病人选取不同的手术方式。