慢性萎缩性的胃窦炎的治疗，主要包括以下几方面：1、饮食护理：平时要注意少量多餐，避免单次进食过多。另外过咸的食物，如腌制品以及烧烤类的食物尽量少吃。建议多吃瓜果蔬菜，富含维生素C的蔬菜和水果；2、对因治疗：需要明确萎缩性胃窦炎的病因，排除幽门螺杆菌的感染，因为我国幽门螺杆菌的感染的人群感染率达到50%以上，部分地区甚至能达到80%。所以去除幽门螺杆菌感染的病因，有利于控制萎缩性胃炎进一步的进展；3、对症治疗：可以给予促进胃黏膜的修复的药物，如替普瑞酮、吉法酯，能够帮助萎缩性胃炎的修复，治疗萎缩性胃炎产生的症状。当出现腹胀、早饱、继发性消化不良的症状，可以给胃肠道动力药物和改善消化吸收的药物，改善萎缩性胃窦炎症状。