一般不首选甲硝唑用于尿路感染治疗，因为尿路感染大部分是由大肠杆菌，金黄色葡萄球菌等常见尿路感染致病菌所致，所以在临床上首选抗生素一般是喹诺酮类抗生素、头孢类抗生素或磷霉素。这几种抗生素，对于大部分尿路感染细菌覆盖面最广，在临床上一般是使用3-7天，在使用1周以后，必须要复查尿常规，直到尿常规中白细胞转阴，才标志着治疗终止。甲硝唑仅适用于一种特殊类型的尿路感染，即滴虫性尿道炎。通常女性患者可能由于洗浴、游泳或性生活等途径感染滴虫性阴道炎，继而获得滴虫性尿道炎，然后再和其男性伴侣进行性生活时，容易导致男性又获得滴虫性尿道炎。特点是除了常规的尿频、尿急、尿痛之外，尿道口分泌物比较多，这时做细菌鉴定时通常能够发现滴虫。这时一般可以使用甲硝唑治疗，即灭滴灵治疗，但这种类型的尿道炎在临床上相对少见。