女生上厕所时小便的部位有疼痛，可能是尿道炎、膀胱炎、尿道口发炎等所致，具体治疗方法如下：1、一般治疗：建议及时多喝水、多排尿，用清水将会阴部清洗干净；2、药物治疗：还要及时化验尿常规，观察尿中红细胞、白细胞的情况，如果尿中白细胞明显增多，通常提示有感染，需要早期使用广谱抗菌素进行治疗，最常见的有头孢菌素类、喹诺酮类、大环内酯类药物。喹诺酮类药物有左氧氟沙星、环丙沙星等，大环内酯类药物有阿奇霉素、罗红霉素、米诺环素等，头孢菌素类药物有头孢地尼、头孢克洛等，一般治疗3-5天，症状都会明显缓解。因为女性尿道比较短、比较直，女性有月经期、性生活或者平时不爱喝水，这些因素都会导致女性特别容易出现泌尿道感染，感染后就会有小便部位疼痛、排尿烧灼感等。