深蹲腰疼的原因有很多，如腰椎间盘突出、腰肌劳损等，具体如下：1、腰椎间盘突出：深蹲腰疼最常见的原因，是腰椎的椎间盘突出，在深蹲以后脊通常前弯曲，此时就会压迫椎间盘，椎间盘向后突出，突出了以后就压迫后面的硬膜囊或者神经根，造成腰部疼痛，特别是往前弯得特别厉害时，腰疼更容易发生；2、腰肌劳损：因为腰部的肌肉本身就拉伤了，深蹲蹲下来时，一般腰是往前倾，往前倾时腰背肌就绷紧了，也会产生腰痛；3、其他：比较少见，比如腰椎结核或者肿瘤。但是在深蹲时，腰因为弯得比较厉害，有可能刺激腰椎，此时会因为有炎症刺激，会刺激腰部肌肉产生疼痛症状，此时要到医院做腰椎的磁共振，或者必要的检查，来辅助明确具体原因。