嘴上起水疱可通过以下方式处理：1、单纯疱疹：最常见的由单纯疱疹病毒感染引起的单纯疱疹，主要使用抗病毒药物来治疗。在嘴上出现单纯疱疹的水疱之后，就要积极地内服阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦等抗疱疹病毒药物来进行治疗，有时还可以配合中药中抗病毒、清热解毒药物，比如抗病毒口服液，或者板蓝根冲剂等也有一定辅助作用。局部可以外用抗病毒阿昔洛韦软膏、更昔洛韦软膏、干扰素凝胶来进行治疗，这些水疱就会干涸、痊愈。但以后还要注意不要过于劳累，保持良好免疫力，否则单纯疱疹的水疱有可能再次复发；2、其他原因：除疱疹的水疱外，也有可能由于其他原因引起嘴上水疱，比如局部被烫伤或者被虫咬以后引起局部的水疱，还有机械损伤也可能导致水疱，对这类水疱处理原则一方面预防感染，另一方面促进愈合，比如可以外用红霉素软膏、夫西地酸乳膏预防感染，也可以使用生长因子的凝胶或者喷剂来促进水疱及时修复、痊愈。