嘴上起水疱首先要分清病因，然后再针对性进行治疗，具体如下：1、单纯疱疹病毒感染：单纯疱疹病毒感染所引起的单纯疱疹最常见，主要采取抗病毒药物治疗，比如口服阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦这类抗病毒药物，局部可以外用阿昔洛韦软膏、更昔洛韦软膏或者干扰素凝胶来进行治疗。对于疱疹病毒都有特异性抗病毒作用，所以一般连用几天之后，疱疹的水疱就会逐渐干涸、结痂、痊愈。但如果以后机体免疫力下降时，疱疹还可能再次复发，所以除了用药之外一定要注意休息，避免吃刺激性食物，保证良好的免疫力，才能保证疱疹不复发；2、其他病毒感染：比如水痘累及到嘴部，如手足口病也可以引起嘴巴长水疱，也要对症进行抗病毒处理；3、机械损伤、烫伤、蚊虫叮咬等：局部预防性地使用红霉素软膏、夫西地酸乳膏，以及生长因子，都可以促进水疱痊愈，主要起到保护、预防感染、促进修复的作用。