流产不干净可能会导致的后遗症如下：1、贫血：胚物残留会影响子宫的收缩，表现为流产后的阴道出血的量和出血时间的延长，出血过多，甚至导致贫血；2、感染：胚物组织残留在宫腔内时间过长，可能会导致宫腔内的感染，导致子宫内膜炎的发生，也有可能会诱发宫腔粘连。如果感染没有控制好，通过宫腔蔓延到盆腔会导致慢性盆腔炎，比如输卵管炎，输卵管积水，甚至慢性盆腔痛；3、不孕；4、宫外孕。因此流产之后，如果出现阴道出血时间长于2周或出血量明显多于月经量，需要及时到医院复查，以除外宫腔残留的风险，并且及时予以处理。最关键的预防措施，是尽量不要做没有指征的人工流产或药物流产。