长期消化不良的处理方法，有以下几种：一、病因学治疗：最常见的是幽门螺杆菌感染，患者可能表现为腹痛，腹胀、纳差等，给予根除幽门螺杆菌四联疗法后，这些消化不良的症状有可能缓解。二、对症治疗：1、腹胀：可以给予促进动力的药物，如全胃肠道动力药物莫沙必利(枸橼酸莫沙必利片)，可以改善消化不良的症状；2、排气较多：可以补充胃蛋白酶、肠蛋白酶，如达吉(复方消化酶胶囊)、秘特(复方阿嗪米特肠溶片)等，来减轻消化不良的症状。在给诊断为消化不良前，需检查胃镜、肠镜、腹部超声等，筛查胃肠道器质性疾病。