牙根尖切除手术的危害，常见有以下几点：1、咀嚼功能受损：如果切除根尖，牙根会缩短，行使咀嚼功能时会出现咬合无力，甚至出现牙齿松动；2、术后感染：做根尖手术时如果不注意无菌操作，会引起根尖术后感染。如果术前没有进行血常规化验，或者患者吃抗凝血的药物，比如阿司匹林，术后会出现出血。在正常情况下，如果严格选择根尖手术的适应证，一般不会出现根尖切除过短，引起咀嚼不适，甚至牙齿松动。如果在手术过程中严格按照无菌的操作，一般不会发生术后感染。如果在术前进行正常化验，也不会发生术后出血。因此正常情况下，牙根尖切除手术没有危害，少数患者可能会出现感染，比如有特殊体质的病人，抵抗力比较低，做完手术后没有适当休息，在进行繁重劳动，此情况下会造成抵抗力降低，做完根尖手术后出现感染。做根尖手术，会劝导患者口服抗生素类药物以及注意休息。