患者肛门疼痛时一般依据疼痛的原因不同，使用药的种类也会有所区别，具体如下：1、局部皮脂腺囊肿：若患者局部伴有皮脂腺囊肿而引起疼痛，建议患者采用如意金黄膏或活力碘湿纱布持续外敷，每次敷的时间至少在15-20分钟。通过局部外敷，可以使病情较轻的皮脂腺囊肿并感染自行吸收，从而取得较好控制炎症、减轻疼痛的效果。但若患者局部皮脂腺囊肿感染较严重，局部药物外敷后时脓肿局限液化。此时单纯使用药物，治疗效果不佳，可行脓肿切开引流来清除局部的坏死组织，从而可以较快的减轻炎症、改善疼痛症状；2、痔疮：伴有痔疮的患者也可造成肛周的疼痛症状，尤其是血栓性外痔，此时发生较严重的痔核脱出、肛周水肿，痔核不能还纳入肛门内。一般患者可使用复方黄柏液进行温水坐浴，从而改善局部血液循环、减轻组织水肿。此外，也可通过外擦龙珠软膏、马应龙痔疮膏(马应龙麝香痔疮膏)、太宁栓(复方菜角酸酯栓)、牛黄痔清栓等药物，适当用药能减轻患者的疼痛。但若用药后患者的疼痛仍无法改善，此时也可考虑手术治疗。