自然流产之后第三天小腹痛，可能是子宫的收缩痛，但是如果程度比较剧烈，需要除外宫腔残留和流产后感染的可能性。1、子宫的收缩痛：自然流产之后，子宫需要收缩，将宫腔内的积血排出，还有需要将子宫内膜组织，又叫蜕膜组织排出，因此流产之后，尤其是前几天的时间，可能会有下腹部的隐痛、坠痛的感觉，这种疼痛考虑是子宫收缩痛，一般只要程度不是特别剧烈，没有什么需要紧张的，继续观察就可以；2、宫腔残留：如果疼痛比较剧烈，也需要考虑其他一些并发症的风险。比如下腹剧烈疼痛同时，伴有比较多的阴道出血，这时候就得考虑是否有可能是一些宫腔的残留导致的出血增多和下腹痛的症状；3、流产后感染：也有可能在下腹痛、阴道出血的同时，伴有体温的升高，或者阴道分泌物的异味，这要考虑是否有可能是流产后的感染，导致疼痛的加重。