早晨咳嗽的厉害有以下几种原因：1、感染性因素：通常由于早晨有排痰的情况出现，夜间呼吸道的分泌物积聚在气管中，早上起来后由于自身反射机制要将痰排出，则会出现早晨咳嗽厉害的情况；2、非感染性因素：如慢性支气管炎，由于夜间分泌物潴留，导致晨起咳嗽；3、气道敏感：早上起来从被子里出来时，会有温差变化，气道经过刺激，也会出现咳嗽的情况，与气道敏感性有关，如慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病，以及过敏性疾病，如支气管哮喘。