上厕所时龟头刺痛，最常见于以下疾病：1、龟头炎：病人发生浅表性溃疡型龟头炎时，会在龟头表面出现局部水肿、糜烂面、溃疡，在排尿时如尿液刺激龟头表面，便会出现龟头刺痛症状；2、尿道炎：病人发生淋菌性尿道炎时，会出现尿道黏膜水肿、糜烂，导致尿道黏膜破损，排尿时由于尿液刺激，便会导致龟头、尿道出现刺痛症状，或局部刺痒和尿道口分泌物，出现此类症状需到泌尿外科或男科就医；3、尿道结石：病人发生后尿道结石时，当结石划破尿道黏膜，会出现龟头放散性疼痛症状，在排尿时表现为龟头刺痛。出现此类症状应及时到泌尿外科就医，通过膀胱尿道镜检查可发现尿道结石，通过钬激光将结石打碎后，用套石篮可以将结石取出，龟头刺痛症状会明显改善。