引起眼睛真菌性感染的情况比较复杂，因为有不同的部位、不同的感染机制。比较常见的眼睑的真菌感染，就是真菌性皮肤病。另外一个比较常见的，就是真菌性角膜炎，真菌性角膜炎一般伴随眼外伤，有角膜的划伤，最常见的包括树枝、谷物秸秆等划伤，造成角膜损伤，还附着大量真菌，使真菌趁虚而入，引起真菌性角膜炎。还有一些特殊患者，比如长期应用抗生素，造成菌群失调，可能还会引起内源性真菌感染，这种内源性真菌感染，会随着血液循环到达眼内，引起真菌性的眼内炎。​因此，眼睛真菌感染可能是眼睛表面的皮肤问题，也可能是眼睛角膜的问题，还有可能是眼内的感染。有外源性的途径，如外源的接触、外伤，还有内源性的途径，即没有受伤，通过血液循环引起。总而言之，真菌性的炎症，不管是真菌性角膜炎还是真菌性眼内炎，治疗都是非常棘手。因为治疗真菌，没有特别好的药物，而且不管得了真菌性的角膜炎还是眼内炎，往往有身体局部和全身的特殊病理状态，患病后治疗非常复杂，患者要坚持跟医生配合治疗。