脑干梗死最好的治疗方法就是发现病人出现症状后，以最快的速度，第一时间送到有救治条件的医院，尽早让患者得到最积极的治疗，能够获得比较好的预后。脑干梗死和其它部位的脑梗死在治疗原则基本相同。在发病特别早的时候，如从发病到用药在3-4.5个小时，可以考虑用静脉溶栓的方法，有可能把血栓溶解掉，使血管再通，这样预后会比较好。如果考虑大血管闭塞，如椎动脉或者基底动脉主干闭塞，也可以在发病6-8个小时做血管造影。如果发现责任血管的血栓，可以采用动脉取栓的方法。当然如果是脑干梗死，取栓的时间可以适当放宽。如果已经错过静脉溶栓或者动脉取栓的时机，后期治疗就是脑梗的常规治疗，如抗血小板聚集的治疗、他汀类的调脂药以及血压、血糖的调控和各种并发症的综合处理措施。这是一个整体的综合的处理措施，并不是单靠某一个药物能够完全解决问题。包括部分脑保护剂、改善微循环的药物，都能起到一定的作用。