卵巢囊肿的危害不能一概而论。卵巢囊肿是老百姓的说法或初次就诊时医生给出的最简单的诊断，不同卵巢囊肿存在不同危害。如果最终确定为生理性囊肿，一般无需特殊处理，一次月经后即可自行消失。 如果卵巢囊肿通过医生检查发现并没有消失，且逐渐增大，考虑卵巢肿瘤性病变，需要进行手术剥除，判断囊肿性质。良性肿瘤手术后对患者并无危害，恶性囊肿可能后期需要进一步处理，对患者身体健康存在危害。 卵巢巧克力囊肿在近两年发病率越来越高，虽然属于良性疾病，但剥除后存在复发的可能，后续需要进一步治疗。