射精时输精管疼痛可以用以下药物：1、α受体阻滞剂：射精的时候输精管疼痛一般可能与前列腺炎有关，对缓解这一类疼痛首选使用α受体阻滞剂，代表性的药物如坦索罗辛、特拉唑嗪，一般都有较好的疗效。使用治疗的疗程一般是1-3月，所以在使用有效的情况下，一般是1周见效，但是建议适当延长疗程；2、中成药：也可以参照祖国医学，关于解热通淋的治法，对于这种类型特别是射精时输精管疼痛，可以采用像癃清片，或者是前列安栓这样的中成药予以辅助的治疗，往往会有比较好的临床疗效；3、抗生素：在治疗上也要警惕患者可能是存在一种有菌性前列腺炎，因此这类患者要做前列腺液分析。如果在前列腺液中看到有大量的白细胞，说明有菌的前列腺炎。治疗上应该再加用喹诺酮类的抗生素，比如左氧氟沙星。疗程大约也是1-2月，等到前列腺液中白细胞转阴，才可以放心停用抗生素。