射精时阴茎疼痛的原因，常见如下：1、尿道炎：射精时阴茎疼痛最常见于尿道炎的病人。病人发生淋菌性尿道炎时，会在尿道黏膜表面形成水肿、糜烂，还会出现水疱、脓疱，水疱、脓疱破裂后会形成尿道口分泌物。在射精时由于精液刺激糜烂的尿道黏膜，会出现尿道刺痛症状，出现射精时阴茎疼痛症状；2、慢性前列腺炎：病人发生慢性前列腺炎时，由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂。在射精时当精液到达前列腺糜烂黏膜时，会引起阴茎刺痛和阴茎不适症状；3、精囊炎：病人发生精囊炎时，在精囊内有大量致病菌繁殖时，当射到后尿道时，由于致病微生物刺激后尿道黏膜，也会导致黏膜出现不适或隐痛症状，病人还会出现局部刺痛症状。出现上述症状时，应及时到泌尿外科或男科就医。通过精液或分泌物检测常常能找到致病微生物。通过针对性的抗生素治疗，多数病人射精后，阴茎刺痛症状会明显好转。